می شه فایلها رو وارد Database کرد. با استفاده از XML Bulk loading .بعد در Database هر کاری که دلتون خواست بکنید
صورت کلی داده های XML دارای ساختار Hierarchical هستند و برای تبدیل آنها به ساختار Relational احتیاج به روشهایی هست که به آنها Relational Mapping گفته می شود.
اگر که فایل XML شما دارای ساختار نسبتا ساده ای باشد و تورفتگیهای نامنظم زیادی نداشته باشد، بهترین روش نوشتن یک برنامه است. در غیر این صورت از نرم افزارهایی مثل Stylus، XML Spy هم می توانید به خوبی استفاده کنید.

اگه از سی شارپ استفاده می کنید linq این کار رو برای شما انجام میده . البته ابزار فرسوده دیتاست هم این کار رو می کنه .